Im Jahre 1223 wurde Effelter erstmals urkundlich erwähnt. Der Ortsname leitet sich vom althochdeutschen Wort „apholtra“ ab und bedeutet so viel wie „Zu den Apfelbäumen“. Seit einigen Jahren hat man sich wieder auf diesen Ursprung des Dorfnamens besonnen und pflanzt seitdem verstärkt Apfelbäume im Ortsbereich an. Effelter wurde etwa um 1200 herum gegründet und gehörte ursprünglich zur meranischen Burg in Steinberg. Durch Schenkungen oder Verkäufe kam der Ort zum Hochstift Bamberg und dann zum Kloster Langheim. Ab 1388 war der Bamberger Bischof wieder Herr über die Einwohner bis seine Herrschaft mit der Säkularisation endete.

Effelter ist ein Quellangerdorf in Sattellage mit Waldhufenflur. Um den Dorfanger herum bauten die ursprünglich 15 Gründerfamilien ihre Häuser giebelseitig zum Anger. Den äußeren Bebauungsring bildeten die meist quer zum Haus stehenden Scheunen. Wie die Planwagen einer Wagenburg schirmten sie so den Dorfbering ab. Von den Scheunen aus verlaufen dann die einzelnen Flurstreifen, (die 15 Güter wurden im Laufe der Jahre halbiert, geviertelt und geachtelt) nahezu parallel zueinander und leicht terrassenförmig abgesetzt, bis hin zum Ende der Gemarkung.

Auf dem eigentlichen Dorfanger traten drei Quellen zu Tage, die zu Weihern gestaut wurden. Heute ist noch einer davon erhalten (Baiersteich). Ein weiterer Teich (ebenfalls Feuerlöschweiher) befindet sich nordwestlich unterhalb des Dorfes in Richtung Effelter – Mühle. Beide Teiche wurden in den letzten Jahren z.T. durch Eigeninitiative oder von Vereinen wieder hergerichtet und instand gesetzt.

Im Zuge der Gemeindegebietsreform verlor Effelter 1978 seine politische Eigenständigkeit und gehört seitdem zur Großgemeinde Wilhelmsthal. Ursprünglich war das Dorf durch die Land- und Forstwirtschaft geprägt. Heute gibt es noch wenige Vollerwerbs- und Nebenerwerbslandwirte. Einige ehemalige Landwirte verdienen ihr Geld mit der Forstwirtschaft.